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Extraction d'ADN

 

 

Observation de la structure tridimensionnelle de l’ADN.

 
OBJECTIFS
Objectifs notionnels :

L’ ADN est formé de deux chaînes complémentaires de nucléotides (A, T, C, G).

Objectifs méthodologiques :

Saisir des informations ; tester une hypothèse ; utiliser l’outil informatique ; adopter une démarche explicative.
MANIPULATIONS
Matériel indispensable :

Logiciel RASMOL (gratuit, téléchargeable ainsi que de nombreux fichiers de molécules sur le site de l'INRP).

Réalisation technique :

Voir la molécule et déterminer sa configuration spatiale :

FICHIER / ouvrir.
Choisir et sélectionner adn.pdb

Cliquer sur le fond noir puis, en utilisant les deux curseurs à droite et en bas du cadre, faire bouger la molésule dans l’espace

Mettre en valeur les deux brins de l’ADN :

  • Déplacer la fenêtre contenant la molécule en pointant le bandeau bleu supérieur afin de faire apparaître la fenêtre « Rasmol Menu Principal ». Cliquer sur cette fenêtre.
  • Menu COLORER.
  • Choisir « Par chaîne – segment ». Une chaîne est colorée en rouge, l’autre en bleu.
  • Faire tourner la molécule.
Découvrir pourquoi A = T et C = G :
  • Revenir au menu COLORER de la fenêtre « Rasmol- Menu Principal »
  • Choisir « Par type de résidus » et sélectionner « Forme des a.a. ». Chaque nucléotide est représenté par une couleur spécifique.
  • Faire tourner la molécule et observer la répartition des nucléotides.

TRUCS, ASTUCES, DIFFICULTES POSSIBLES

Risques de plantages sauvages...

 

 

Nature de l’information génétique

 
OBJECTIFS
Objectifs notionnels :

La séquence des nucléotides au sein d’un gène constitue un message.

Objectifs méthodologiques :

Formuler une hypothèse ; utiliser l’outil informatique ; saisir des informations ; adopter une démarche explicative.
MANIPULATIONS
Matériel indispensable :
Logiciel ANAGENE (disponible à l’INRP).
Réalisation technique :
  • Sélectionner 3 ou 4 gènes différents dans la banque de données :
  • Menu FICHIER / Banque de séquences.
  • Cliquer sur une ligne (Exemple : Le système ABO des groupes sanguins) et sélectionner un gène (Exemple : acod.adn)
  • Choisir les autres exemples dans des groupes différents (gènes des hormones hypophysaires, des pigments rétiniens…).
  • OK pour faire apparaître les séquences choisies.
  • Comparaison des séquences :
  • Sélectionner les gènes du tableau maintenant affiché en cliquant sur la case devant le nom. Les séquences sélectionnées apparaissent alors en surbrillance.
  • Menu TRAITER / Comparer les séquences / Comparaison simple / OK.
  • La première ligne sert de référence pour la comparaison.
  • Les lignes suivantes font apparaître les différences avec la première ligne :

un tiret (-) signifie qu’il s’agit du même nucléotide.
si le nucléotide est différent, il est désigné par sa lettre.

TRUCS, ASTUCES, DIFFICULTES POSSIBLES

La même démarche permet de comparer les allèles d’un gène.

Les fichiers .adn et .cod correspondent aux séquences de nucléotides ; les fichiers .pro correspondent aux séquences d’acides aminés de la protéine correspondante.

Pour changer l’ordre des séquences choisies, dans le tableau, utiliser l’ascenseur à gauche de la fenêtre.